родился в 1870 году в Саратове. В три года мальчик ушиб спину, и у него начал расти горб. «Он мог бы стать стройным и сильным, как и другие. Он знал это и, однако, никогда не жаловался, не злился на жизнь, обошедшуюся с ним чересчур жестоко», — писал о ребенке саратовский литератор Александр Федоров. Преодолевать жизненные трудности Мусатову всегда помогала живопись. Позднее он писал: «Когда меня пугает жизнь — я отдыхаю в искусстве».
В 1884 году Виктора Мусатова отдали в Саратовское реальное училище. Точные науки мальчику плохо давались, но по рисованию всегда были отличные оценки. Художники-педагоги Василий Коновалов и Федор Васильев отмечали талант юного ученика и советовали ему отправиться в Москву. В 1890 году Виктор Мусатов поступил в Московское училище живописи, ваяния и зодчества.
Юноше не нравилось в Москве: все, чему учили местные преподаватели, он мог узнать и в Саратове. Поэтому через год он перевелся в Петербургскую академию художеств. При поступлении начинающий живописец представился Борисовым-Мусатовым: вторая фамилия была производной от имени деда — Бориса Мусатова. С тех пор он так и подписывал свои картины. Кроме занятий в Академии он посещал частную мастерскую художника Павла Чистякова, где совершенствовал технику рисунка.
В 1893 году из-за переменчивого климата у Борисова-Мусатова усугубилась болезнь позвоночника — ему пришлось вернуться обратно в Москву. Через год на XVII Московской ученической выставке он представил несколько своих полотен. Одно из них, «Майские цветы», купила великая княгиня Елизавета Федоровна. На полученные средства живописец отправился на Кавказ и в Крым, где написал цикл натурных этюдов.
После южного путешествия в 1895 году Борисов-Мусатов уехал в Париж, где поступил в мастерскую Фернана Кормона. Здесь молодой художник провел три зимы, он учился классическим приемам рисования и правильной технике. В музеях и галереях Парижа он изучал произведения искусства маститых художников.